病原微生物指朊毒体、寄生虫（原虫、蠕虫、医学昆虫）、真菌、细菌、螺旋体、支原体、立克次体、衣原体、病毒。某些病原体反复接触某些化学治疗药物后，其反应性不断减弱，以致病原体可抵抗该药而不被杀灭或抑制，这就是病原体对药物的耐受性，称为耐药性或抗药性。产生抗药性的主要原因是药物剂量不足或长期使用某种药。许多细菌和寄生虫都会发生抗药性。病原体产生了抗药性，常使疗效减小或*失效。抗药菌株具有遗传性，因此，在治疗疾病时要严格掌握适应症，防止滥用药物。
细菌的致病物质细菌的致病物质主要包括细菌的菌体表面结构、侵袭性酶及毒素。菌体表面结构有两类，一类具有黏附作用的结构，如磷壁酸、多包被、菌毛等；另一类是具有抗吞噬作用的结构，如荚膜、微荚膜、A型链球菌的M蛋白、金葡菌的A蛋白等。侵袭性酶是细菌合成分泌的胞外酶，一种有抗吞噬作用的酶，如金黄色葡萄球菌产生的血浆凝固酶，可在细菌周围形成纤维蛋白包裹层，抵抗人体吞噬细胞和补体、抗体的作用，保护细菌。另一种可帮助细菌在体内扩散的酶，如A型链球菌产生的透明质酸酶。
细菌的毒素有内毒素和外毒素。内毒素是革兰氏阴性细菌细胞壁的脂多糖，在细菌死亡裂解时释放，对人和动物有毒性，被称为内毒素，其主要成分是类脂A。由于多数革兰氏阴性细菌的内毒素类脂A化学组成相似，因此对人类产生的致病作用也相似，主要是引起机体发热、白细胞数量的改变、内毒素血症和休克、弥散性血管内凝血(DIC)等。重度革兰氏阴性细菌感染时，大量内毒素直接激活凝血系统，导致严重的临床综合征而死亡。外毒素是由活致病菌产生的蛋白性物质，又称为分泌性毒素，毒性强烈且具有组织器官特异性。根据外毒素作用靶细胞的不同，外毒素可分为神经毒素、细胞毒素和肠毒素。
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