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药品微生物检测是依据《中国药典》通则1105、1106及1107等章节，对药品生产全过程中的原料、辅料、中间品、成品及包装材料进行的微生物学检验。其根本目的在于确保药品的安全性（不含致病菌）和稳定性（不受微生物破坏）。
药品不同于食品，通常由免疫功能低下或重症患者使用。一旦微生物超标，轻则导致药品变质失效，重则引发败血症、感染性休克。多起全球药害事件均源于微生物污染，这促使各国将微生物检测提升至与化学成分检测同等重要的高度。
此项检查针对非无菌药品（如口服片剂、外用软膏）。
需氧菌总数计数（TAMC）：采用平皿倾注法或薄膜过滤法。将供试液与45℃的胰酪大豆胨琼脂（TSA）混合凝固，在30~35℃培养3~5天。计数平板上的菌落形成单位（CFU）。对于含抑菌成分的药品，必须采用薄膜过滤法（冲洗量不少于500mL/膜）去除抑菌活性，避免假阴性。
霉菌和酵母菌总数计数（TYMC）：使用沙氏葡萄糖琼脂（SDA）平板，在20~25℃培养5~7天。霉菌因气生菌丝扩散生长，计数需在第3、5、7天多次观察，防止单菌落蔓延覆盖整个平板。
控制菌检查（即特定致病菌筛查）：
大肠埃希菌：采用麦康凯液体培养基增菌，再划线至麦康凯琼脂平板，典型菌落呈粉红色。检出即提示粪便污染，口服制剂绝不允许检出。
铜绿假单胞菌：在十六烷三甲基琼脂上呈黄绿色菌落，产生荧光素。该菌对抵抗力低下者危害极大，必须在外用药中严格控制。
沙门氏菌：需经四硫磺酸盐增菌，再接种至胆盐硫乳琼脂。动物源性药品（如鳖甲、羚羊角）必须检测此项。
适用于注射剂、眼内、植入剂及外科敷料等。根据剂型选择直接接种法或薄膜过滤法。
培养基体系：
硫乙醇酸盐流体培养基（FTM）：专为厌氧菌和需氧菌设计，含巯基乙醇钠降低氧化还原电位，并添加刃天青指示氧化状态。培养温度30~35℃。
胰酪大豆胨液体培养基（TSB）：适合真菌和需氧菌，培养温度20~25℃。
操作要点：样品量需参照药典“表1”批量抽样（如批量为n件，抽取n+1件）。培养周期不少于14天。若供试品本身有抑菌性，必须通过方法适用性试验证实培养基能支持枯草芽孢杆菌、白色念珠菌等试验菌的生长，否则需采用大体积培养基稀释（稀释法消除抑菌性）。
内毒素是革兰氏阴性菌细胞壁的脂多糖（LPS），极其耐热。采用鲎试剂法（凝胶法或动态显色法）。目前推荐使用重组C因子法替代动物来源的鲎血，符合3R伦理原则。
检测结果以内毒素限度（EU/mg或EU/mL） 表示。注射用水要求≤0.25 EU/mL。样品需进行干扰试验，排除pH或金属离子对鲎试剂凝胶的抑制或增强。
微生物检测数据一旦超标（OOS），不能单纯复检了事。必须启动偏差调查（MDD），重点排查：
取样过程是否引入污染？
培养基灭菌是否过度（糖类焦化抑制生长）？
培养箱湿度是否过大（导致霉菌计数过高）？
操作人员是否严格执行了更衣程序？
最终调查报告需归档，并反馈至生产车间的清洁验证计划中，形成质量闭环。
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