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多肽类药物质量检测是针对分子量在500~5000 Da之间的氨基酸聚合物（通常由化学合成或重组表达制备）进行的一系列理化、生物学及安全性检验。与小分子化药不同，多肽具有多级结构（一级序列、二硫键配对、空间构象），且极易发生化学降解（氧化、水解、消旋化），这对质量检测提出了远高于普通药物的复杂要求。
氨基酸序列分析：采用Edman降解法（经典但费时）或LC-MS/MS串联质谱法（主流）。质谱不仅能测定精确分子量（误差需在±0.05%以内），还能通过碎片离子图谱（b/y离子）拼读出完整氨基酸序列，确认无氨基酸缺失或插入。
二硫键定位：含半胱的多肽（如抑素类似物）若二硫键连接错误，活性将剧降。采用非还原条件下酶解，通过质谱检测含有二硫键的肽段分子量，结合部分还原烷基化策略，精确锁定二硫键配对方式（如Cys3-Cys17 vs Cys7-Cys14）。
反相高效液相色谱是多肽纯度检测的绝对主力。采用C18色谱柱，以水-乙腈为流动相，在210~220 nm波长处检测（肽键吸收峰）。主峰纯度通常要求不低于95.0%（药典原料药标准）。
更重要的是有关物质检测——即与目标肽结构极其相似的杂质肽：
缺失肽：合成中漏接一个氨基酸。
插入肽：额外的氨基酸残基。
氧化肽：被氧化为亚砜，极性改变导致保留时间漂移。
差向肽：氨基酸消旋化（L构型变为D构型），采用手性柱或毛细管电泳专门分离。
毛细管电泳（CE） 因其高分辨率和电渗流驱动力，能分离反相HPLC无法分辨的带相同电荷的异构体杂质，两者方法互为补充。
含量测定采用氨基酸分析（酸水解后柱后衍生，准确度最高）或外标法定量HPLC。生物学活性检测则针对多肽的功能：例如，需测定其促进T细胞分化的能力（E-玫瑰花结试验）；GLP-1类似物需测定其刺激胰岛RINm5F细胞分泌cAMP的量（ELISA法）。活性单位以国际单位（IU） 表示，需溯源至WHO标准品。
残留溶剂：多肽合成大量使用N,N-二甲基甲酰胺、二氯甲烷、乙腈。采用顶空-气相色谱检测，限度严苛（如DMF≤0.088%）。
TFA 残留：纯化过程常用TFA，采用离子色谱检测，因其具有细胞膜破坏性，残留需<100 ppm。
内毒素与无菌：注射用多肽必须符合无菌/内毒素限值。
多肽药物必须进行强制降解试验（高温、高湿、强光照、氧化）。检测方法必须具有“稳定性指示性”——即能够将主峰与所有降解产物峰分离（分离度≥1.5）。若某降解产物（如脱酰胺产物）与主峰重合，该方法即宣告无效。常用pH梯度洗脱或不同柱温来优化分离度。
随着连续制造工艺的应用，在线拉曼光谱和近红外光谱已开始用于多肽合成过程中实时监控反应终点，配合多变量数据分析模型，实现质量源于设计（QbD）的理念，极大提升了批间一致性。
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